Если выполнение отключения QS для базы данных блокируется системным процессом: QUERY STORE BACKGROUND FLUSH DB

SET DEADLOCK_PRIORITY HIGH
ALTER DATABASE [DATABASENAME] SET QUERY_STORE = OFF WITH NO_WAIT
GO

Подключиться через DAC и сделать:

TRUNCATE table sys.plan_persist_runtime_stats;
TRUNCATE table sys.plan_persist_runtime_stats_interval;
TRUNCATE table sys.plan_persist_plan;
TRUNCATE table sys.plan_persist_query;
TRUNCATE table sys.plan_persist_query_text;
TRUNCATE table sys.plan_persist_context_settings;

Подробности можно найти тут: Manually Clearing the Query Store