Desde hace una semana vengo batallando con eliminar un sitio SharePoint que cuenta con cientos de listas de las cuales muchas de ellas rebasan el umbral de 5000 elementos de almacenamiento. Listas con más de 17000 o 37000 registros por mencionar tan solo un ejemplo. Estas listas fueron migradas de SharePoint On-Premises hacia SharePoint Online usando Sharegate.
Utilicé la opción de Copy Content de Sharegate, simplemente para seleccionar los elementos de una lista y borrarlos permanentemente.

Después de que el negocio aprobó eliminar estas listas y el sitio que ya no aporta valor para el departamento, primeramente me topé con el problema de que no puedes eliminar sub sitios que tienen listas que exceden el umbral de elementos.

En otras palabras, el intento de eliminar el sitio también está rebasando el umbral ya que la operación de eliminar (un procedimiento almacenado de SQL Server llamado proc_RecycleWeb) revisa que los elementos seleccionados para eliminarse no excedan el límite del umbral. Así que ahora es necesario eliminar los elementos y listas de la papelera de reciclaje primeramente y posteriormente intentar eliminar el sitio.
Una opción es dejar que pasen 30 días para que estos sean eliminados de forma automática por el sistema. En caso de que no queramos esperar tanto y necesitemos eliminar la papelera de reciclaje de forma manual podemos usar el comandlet Get-PnPRecycleBinItem.
Usando PowerShell instalamos los comandlet de Pattern & Practices para SharePoint Online
Install-Module SharePointPnPPowerShellOnline Connect-PnPOnline -Url "https://denuestrositio.sharepoint.com/sites/qa" Clear-PnPRecycleBinItem -Force
Aqui mi ejemplo:

Y qué tal, mover (cortar) la librería a otro sitio?
En este caso necesitaba eliminar el sitio SharePoint y no podia por tener 1) listas con mas elementos que el soportado por el umbral 2) papelera de reciclaje con mas elementos que el soprotado por el umbral